中国社会科学院大学工业经济系是中国社会科学院研究生院设在工业经济研究所的教学系，系主任为中国社会科学院工业经济研究所所长。
农村发展系以中国社会科学院农村发展研究所为依托，承担着农林经济管理一级学科和区域经济学专业的研究生培养任务。
财经系是以中国社会科学院财经战略研究院为依托。1978年由中国社会科学院工业经济所、农业经济所、财贸物资经济所联合成立中国社会科学院研究生院现实经济系。
金融系以中国社会科学院金融研究所为依托，成立于2002年，拥有金融学博士和硕士学位授予点。
中国数量经济学是与改革开放和社会经济发展密切相伴、结合方法研究并颇具中国特色的一门经济学分支学科，是在马克思主义经济理论指导下，以质的分析为基础，用数学方法和计算技术，研究经济数量关系及其变化规律的科学。
人口与劳动经济系以中国社会科学院人口与劳动经济研究所为依托，成立于1983年。中国社会科学院人口与劳动经济研究所的前身是中国社会科学院人口研究中心。
中国社会科学院大学生态文明研究系于2001年成立，依托中国社会科学院生态文明研究所开展教学和人才培养工作。
城乡建设经济系依托住房和城乡建设部政策研究中心（中国城乡建设经济研究所），为系所合一机构，从1981年开始招收研究生，至今共培养硕士研究生87人，博士研究生14人。
空间经济学是包含区位、交通运输、土地和住房等空间因素的经济学，是经济学与地理学的交叉学科，包括城市经济学、区域经济学、新贸易理论、空间计量经济学等分支。
金融经济学是经济学与金融学的交叉学科，强调采用现代金融、经济学的相关基础理论和分析方法，研究不确定性下的经济金融领域的重大理论和现实问题。金融经济学系是应用经济学院本部的骨干系，是我院本硕博一体化人才培养的重要一环。主要承担国际经济与贸易专业（国家级一流本科专业）本科生教育，以及金融、税务等专硕教学等工作，同时，肩负部分硕士、博士点学科教育工作。
中国社会科学院大学金融硕士专业学位项目隶属于应用经济学院，是在全国金融硕士专业教育指导委员会的指导下，着力打造的一个独具特色的金融硕士专业教育品牌,旨在培养具备良好的政治思想素质和职业道德素质，充分了解金融理论与实务，系统掌握投融资管理技能、金融交易技术与操作、金融产品设计与定价、财务分析、金融风险管理以及相关领域的知识和技能，具有实践能力且能切实解决机关事业单位或社会企业金融问题的高层次、应用型金融专门人才。
中国社会科学院大学是2010年全国首批获得税务硕士专业学位研究生教育资格的培养单位。税务硕士专业学位培养目标，是面向税务机关、企业、专业服务机构及司法部门等相关职业，培养具备良好的政治思想素质和职业道德素养，系统掌握税收理论与政策、税收制度、税务管理以及相关领域的知识和技能，充分了解税务稽查、税务筹划以及税务代理等高级税收实务并熟练掌握其分析方法与操作技能，具有解决实际涉税问题能力的高层次、应用型专门人才。
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